做lncRNA研究，当你找不到可以和lncRNA结合的miRNA，而你却想从ceRNA机制入手时，肯定想看看有没有些蛋白和lncRNA结合。今天给大家推荐的catRAPID，就是一个非常实用的RNA与蛋白结合预测网站，主要针对蛋白质与RNA相互作用的能力进行高精度预测，利器在手，预测无忧！
catRAPID
网址：
http://service.tartaglialab.com/page/catrapid_group
catRAPID是一个专门用来计算蛋白和RNA结合特性的工具，通过整合secondary structure, hydrogen bonding , van der Waals contributions来预测蛋白和RNA的结合可能性。
catRAPID由6个分析模块构成，这次主要介绍其中最重要的两个模块：catRAPID omics和catRAPID express。
catRAPID omics：预测某个lncRNA能和哪些蛋白结合，或者反之；
catRAPID express：分析RNA和蛋白具体的结合信息。
catRAPID omics
进入catRAPID omics模块后，可以从RNA入手，或者蛋白入手，进行相应的预测。
以hotair为例，进入RNA序列模块后，把hotair的序列信息输入即可看到下列图中实例。
在下方输入邮箱地址，进行分析，当分析完成后，邮件会提醒分析结果完成，并提供结果链接，进入就可以了。
可以看到结果中，会把高结合，中等结合，低结合的蛋白都会非常详细的展示出来，通过这个，我们就可以找到可能和hotair结合的蛋白了。
catRAPID express
通过第一个分析找到了可能结合的蛋白。那么，他们到底是通过RNA的哪个片段，和蛋白的哪个区域结合呢？
进入catRAPID express模块，选择“catRAPID express”即可。当然，其他两个模块也都可以用。
以蛋白PES1和lncRNA-ANRIL为例，分别输入蛋白序列和RNA序列，输入邮箱分析即可。我们可以发现，结果分别以热图和表格形式来表现结合的位置。下面图中，可以看到该lncRNA的3’端可以和蛋白的N端和C端都有十分高的结合。所以，PES1和ANRIL有两个可能的结合位置。
这里以两个简单的例子介绍了寻找lncRNA结合蛋白和lncRNA与蛋白结合信息预测。当然了，这个工具还有其他功能值得大家继续探索~有机会我们再做其它模块的分享！
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